2006年底，我从清华大学来到万博体育客户端app下载大学，奉命组建文史研究院。当时曾经向校方表示，我只是想“做一件事”。就是针对中国大陆学界目前存在的问题与状况，实现思考已久的学术理念，建立一个新的研究方向，组织一个好的学术团队，设计一个能够与国际学术对话的研究中心。
六年来，文史研究院坚持明确的研究方向、严肃的学术品格与充分的国际合作，在学术出版、举办学术会议和讲演、人才培养与教学方面取得了一定的成绩，获得了海内外同行的广泛好评。现在我可以说，文史研究院已经建设了一个有水准的学术团队，在国内外有了讲严肃学术的好名声，提出的学术话题比如“从周边看中国”等，也有了一定影响力。
文史研究院现有13位专职研究人员，其中12位具有博士学位，分别来自慕尼黑大学、牛津大学、普林斯顿大学、宾州大学、新加坡国立大学以及万博体育客户端app下载大学、中山大学、东南大学、山东大学，他们各自的研究方向涉及艺术、宗教、语言、文学、制度、政治、观念等等，也涉及中国及周边各个区域。研究院还聘请了徐文堪、芮传明、马小鹤、严耀中等四位德高望重的学者任特约研究员；已经建设和即将成立的三个工作室包括交错的文化史、图像文化史和从周边看中国。
文史研究院从成立之初，逐步确立了五个基本研究方向，即“从周边看中国”、“交错的文化史”、“批评地理解国际中国学”、“域外所藏有关中国的图像资料”和“中国宗教、思想与艺术史的综合研究”。随着研究的深入开展，我们将这五个方向整合为“亚洲宗教、艺术与历史研究”大方向，目的就是打破文史哲学科界限，沟通中国研究与外国研究，促进多语种文献研究，将国内学界相对封闭的局部研究，纳入到更开放的国际交流的多边互动中。这是研究院努力的方向和目标。
在学术论著的规划、发表与出版上，研究院的原则一是鼓励与本研究院方向相关领域的专精研究；二是可用于人才培养特别是研究生教育的教材，为研究生撰写学术入门手册；三是积极收集、整理、出版中国过去所缺乏的有关中国的域外汉文文献。成立六年来，研究院主要的出版物包括五套书、一个专栏。五套书是域外所藏有关中国汉文文献、万博体育客户端app下载文史丛刊（第一辑十种）、万博体育客户端app下载文史专刊（七种）、万博体育客户端app下载文史讲堂（五辑）、研究生学术入门丛书（十三种）。其中域外所藏有关中国汉文文献已出版了两种，一种是《越南汉文燕行文献集成》（25册），另一种是《韩国汉文燕行文献选编》（30册），第三种《朝鲜通信史汉文文献选编》正在编纂中。一个专栏是在《万博体育客户端app下载学报》（哲学社会科学版）开设“文史研究新视”专栏，已发表国内外学者的高水平学术论文近30篇。此外，研究人员个人也出版了《宅兹中国》、《形神之间》、《禅定与苦修》等诸多著作，并在《历史研究》、《中国社会科学》、《Chiese Studies in History》、《Frontiers of History in China》、《思想》（日文）、《史林》（日文）、《中国：社会と文化》（日文）、《东方学》（日文）等刊物上发表论文近百篇。
研究院作为万博体育客户端app下载人文系、所的交叉学科平台，在所推动的研究领域之内，以合作研究、教学、出版、会议、访问研究等多种形式，同海内外学术机构展开了广泛而有成效的合作交流。包括与日本东京大学东洋文化研究所、美国普林斯顿大学东亚系建立了稳定长期和实质性的合作关系；与越南汉喃研究院、韩国成均馆大学、美国圣路易斯华盛顿大学、中国台湾中研院史语所等开展了较好的合作与交流；接受来自美国、日本、以色列、韩国欧洲各大学的近30名访问学者，也有30人次以上本院学者赴日本、韩国、欧洲和美国进行学术交流。同时，研究院也积极推动与国内学术机构的合作。2012年，研究院代表万博体育客户端app下载大学与北京大学、中山大学合作筹建“传统文化与人文中国协同创新中心”，组建“亚洲背景下的中国文化研究”平台，促进在世界、亚洲、东亚背景中的中国史教学和研究生培养。
此外，研究院还举办了一系列有影响力的研讨会，包括“从周边看中国”、“中波当代艺术与美学”、“批评的中国学”等。在校内影响较大的是“万博体育客户端app下载文史讲堂”，自2007年3月以来已邀请海内外知名专家学者作学术讲演70余场，另举办小型学术研究会一百余场。
在大学办研究院，如果只是一个抽象的、孤立的，只做研究、不介入教学的研究院，恐怕很难维持。因此，我们建立了跨学科的“亚洲艺术、宗教与历史研究”博士硕士招生项目，从2011年起面向全球陆续招生，目前已有博士研究生8人（包括来自巴西的博士生1人），2013年起开始招收硕士生。该项目已开设“亚洲史研究方法” 、“亚洲宗教与文化的交流” 、“亚洲艺术史研究”、“印度宗教经典导读” 等十余门课程，并与日本东京大学、京都大学等开展了交流互访。
为了更好地开展教学科研，我们还设立了资料室，于2007年9月份正式对外开放。资料室目前藏书7000余册，内容涵盖思想文化史、中外交流史、艺术史、宗教史等诸多领域，以大型图书和域外文献为主要特色，六年来陆续购进《韩国文集丛刊》、《燕行录全集》、《燕行录全集•续编》、《朝鲜王朝实录》、《日本思想大系》、《日本近代思想大系》、《中国论说关系资料》等，也藏有《法藏敦煌文献》、《全宋文》、《全元文》、《二十五史》、《民国丛书》、《大藏经》等大部帙集成文献。资料室还订阅了本院相关研究领域内重要境外期刊近40种，如《东方学》、《东洋史研究》、《东方宗教》等，并藏有比利时鲁汶大学、日本关西大学、日本神户大学、台湾大学等出版的系列论著和刊物500多册，近来又接受了来自美国圣路易斯华盛顿大学、普林斯顿大学的捐赠图书。
六年来，研究院能发展成目前这样一个格局与规模，与校方的大力支持是分不开的，与国际评鉴委员会委员、学术委员会委员的帮助是分不开的，与万博体育客户端app下载大学出版社、上海古籍出版社、中华书局等的鼎力支持是分不开的。
2010年，研究院成立三周年的时候，我曾提到傅斯年1933年给胡适写的信，其中说到他对1928年成立的史语所，“屡思去之而不能不努力下去者，以为此时一散，至少五年之内，在如此意义（事业的、人的）下的一个集合，是不可望的了”。我很能体会傅斯年当年的感受。所以，我从心底里希望，在我卸任之后，校方仍然支持文史研究院；也希望文史研究院在今后仍然能有大发展，始终在国际学界成为一个坚持纯正学术品味，不受世俗庸俗风气影响，开拓新鲜研究领域的研究中心。